BİYOENFORMATİK

AMAÇ

Bu ders, temel kavramlar, algoritmalar, yapılar ve veri tabanları, alanın tarihsel gelişimi, uygulamaları ve alandaki ilgili gelişmeleri içeren biyoinformatik alanına bir giriş sağlar. Ders, biyoinformatik dizi analizinin temellerini ve ilgili araçları ve veritabanlarını kapsar. Kapsanan konular arasında ikili hizalama, puan matrisleri, dizi veritabanı araması, biyolojik ağlar, ağ analizi ve makine öğrenimi teknikleri ve görselleştirme yer alır. Ders ayrıca genom ve gen kavramları dahil olmak üzere moleküler biyolojinin temellerine genel bir bakış sunar ve genom tarayıcılarına ve merkezi biyolojik veri tabanlarına ve bilgi temellerine bir giriş içerir.

İÇERİK

Bu ders; Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır,Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar,sonek ağaçları ve diziler,Sıra Hizalamanın temelleri,ikili dizi hizalaması,çoklu dizi hizalaması,Veritabanları ve veritabanı araması,Mikrodizi veri analizi,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Filogenetik Ağaçlar,Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi,Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz,Proje Sunumu; konularını içermektedir.

1. 1

   Has a general understanding of central topics and concepts within the field of bioinformatics

   Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

2. 2

   Understands dynamic programming algorithms for alignment of biological sequences

   Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

3. 3

   Understands and be able to explain basics of molecular biology and evolution pertaining to sequence alignment and connect them with the various algorithms

   Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

4. 4

   Is able to compare technical aspects of pairwise local and global sequence alignment algorithm

   Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

5. 5

   Is able to use biological databases and knowledgebases, machine learning and network analysis

   Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

6. 6

   Understanding of basic approaches to biological networks and visualize

   Öğretim yöntemi: Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Proje Görevi, Kısa Sınav

HAFTALIK PLAN

1. HAFTA 1

   Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır

2. HAFTA 2

   Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar

3. HAFTA 3

   sonek ağaçları ve diziler

4. HAFTA 4

   Sıra Hizalamanın temelleri

5. HAFTA 5

   ikili dizi hizalaması

6. HAFTA 6

   çoklu dizi hizalaması

7. HAFTA 7

   Veritabanları ve veritabanı araması

8. HAFTA 8

   Mikrodizi veri analizi

9. HAFTA 9

   Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar

10. HAFTA 10

    Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar

11. HAFTA 11

    Filogenetik Ağaçlar

12. HAFTA 12

    Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi

13. HAFTA 13

    Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz

14. HAFTA 14

    Proje Sunumu

DEĞERLENDİRME

• Ara Sınavın Başarıya Oranı30%
• Genel Sınavın Başarıya Oranı70%

İŞ YÜKÜ

KAYNAKLAR

• "No specific text book, notes will be made available, including in class notes, (sometimes) slides, research papers, book chapters, etc. Recommendaed Reference: Understanding Bioinformatics Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum"

ÖĞRETİM ELEMANLARI

• Prof.Dr. Reda ALHAJJKOORDİNATÖR
• Prof.Dr. Reda ALHAJJ