UYGULAMALI BİYOENFORMATİK

AMAÇ

Bu ders, temel kavramlar, algoritmalar, yapılar ve veri tabanları, alanın tarihsel gelişimi, uygulamaları ve alandaki ilgili gelişmeleri içeren biyoinformatik alanına bir giriş sağlar. Ders, biyoinformatik dizi analizinin temellerini ve ilgili araçları ve veritabanlarını kapsar. Kapsanan konular arasında ikili hizalama, puan matrisleri, dizi veritabanı araması, biyolojik ağlar, ağ analizi ve makine öğrenimi teknikleri ve görselleştirme yer alır. Ders ayrıca genom ve gen kavramları dahil olmak üzere moleküler biyolojinin temellerine genel bir bakış sunar ve genom tarayıcılarına ve merkezi biyolojik veri tabanlarına ve bilgi temellerine bir giriş içerir.

İÇERİK

Bu ders; Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır.,Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar.,sonek ağaçları ve diziler,Sıra Hizalamanın temelleri ,ikili dizi hizalaması ,çoklu dizi hizalaması ,Veritabanları ve veritabanı araması ,Mikrodizi veri analizi,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar,Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar-2,Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi,Filogenetik Ağaçlar ,Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz,Proje Sunumları; konularını içermektedir.

1. 1

   1. Recognize the central topics and concepts within the field of bioinformatics.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

2. 2

   2. Uses the dynamic programming algorithms for alignment of biological sequences.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

3. 3

   3. Compares the technical aspects of the pairwise local and global sequence alignment algorithm.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

4. 4

   4. Explain the fundamentals of molecular biology and evolution regarding sequence alignment.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

5. 5

   5. Compare technical aspects of pairwise local and global sequence alignment algorithm.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

6. 6

   5. Use biological databases and knowledgebases, machine learning and network analysis.

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

7. 7

   7. Makes inferences about central topics and concepts in the field of bioinformatics

   Öğretim yöntemi: Öğretme – öğrenme yöntem ve stratejileri, öğrencilerin kendi kendine çalışma, yaşam boyu öğrenme, gözlem yapma, başkasına öğretme, sunma, eleştirel düşünme, takım çalışması, bilişimden etkin yararlanma gibi becerilerini arttıracak şekilde seçilmektedir. Ayrıca, öğretim tarzının farklı kabiliyetleri olan öğrencileri destekleyecek biçimde olmasına dikkat edilir. Programında kullanılan eğitim-öğretim metotları aşağıdaki listede verilmiştir **: Eğitim - Öğretim Yöntemleri *, Örnek Olay Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Deneyimle Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi, Kısa Sınav

HAFTALIK PLAN

1. HAFTA 1

   Ders materyaline giriş, biyoenformatik nedir ve neden biyoenformatik çalışılmalıdır.

2. HAFTA 2

   Arka planı oluşturmak: Biyoenformatikte temel kavramlar.

3. HAFTA 3

   sonek ağaçları ve diziler

4. HAFTA 4

   Sıra Hizalamanın temelleri

5. HAFTA 5

   ikili dizi hizalaması

6. HAFTA 6

   çoklu dizi hizalaması

7. HAFTA 7

   Veritabanları ve veritabanı araması

8. HAFTA 8

   Mikrodizi veri analizi

9. HAFTA 9

   Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar

10. HAFTA 10

    Öğrencilerin sunumları ders/makale/araçlar-2

11. HAFTA 11

    Makine öğrenimi, Ağ modeli ve grafik analizi

12. HAFTA 12

    Filogenetik Ağaçlar

13. HAFTA 13

    Biyolojik ağlar, görselleştirme ve analiz

14. HAFTA 14

    Proje Sunumları

DEĞERLENDİRME

• Ara Sınavın Başarıya Oranı50%
• Genel Sınavın Başarıya Oranı50%

İŞ YÜKÜ

KAYNAKLAR

• "No specific text book, notes will be made available, including in class notes, (sometimes) slides, research papers, book chapters, etc. Recommendaed Reference: Understanding Bioinformatics Marketa Zvelebil & Jeremy O. Baum"

ÖĞRETİM ELEMANLARI

• Prof.Dr. Reda ALHAJJKOORDİNATÖR
• Prof.Dr. Reda ALHAJJ