Protein : Yapı ve Fonksiyon İliş. İleri Konular

AMAÇ

Bu dersin amacı, proteinin 3-boyutlu yapısı ve bu yapının proteinin fonksiyonu üzerine etkisi hakkında bilgi sahibi olur. Bunun yanında, çeşitli amaçlar için protein dizayn edebilir. Son olarak, protein yapı tayininde kullanılan deneysel yöntemler hakkında bilgi sahibi olur.

İÇERİK

Bu ders; Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları,Protein Yapı Motifleri,Alfa-Domain Yapıları,Alfa-Beta Yapıları,Beta Yapıları,Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği,DNA yapısı,Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması,Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması,Membran proteinleri,Sinyal Transdüksiyonu,Fibröz Proteinler,Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması,Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini; konularını içermektedir.

1. 1

   The relationship between structure, dynamics and function of proteins can be made.

   Öğretim yöntemi: Tartışma Yöntemi, Problem Çözme Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Soru - Cevap Tekniği, Beyin Fırtınası Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli, Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, İşbirlikli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Proje Görevi

2. 2

   The structure of the protein can be modeled for a given function.

   Öğretim yöntemi: Tartışma Yöntemi, Problem Çözme Yöntemi, Örnek Olay Yöntemi, Soru - Cevap Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli, Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, İşbirlikli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Proje Görevi

3. 3

   The cause and effect relationship is made between problematic protein structure and dynamics and the onset of diseases.

   Öğretim yöntemi: Tartışma Yöntemi, Problem Çözme Yöntemi, Örnek Olay Yöntemi, Soru - Cevap Tekniği, Beyin Fırtınası Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli, Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, İşbirlikli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Proje Görevi

4. 4

   Tools can be used which are used for protein modeling.

   Öğretim yöntemi: Tartışma Yöntemi, Problem Çözme Yöntemi, Örnek Olay Yöntemi, Soru - Cevap Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli, Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, İşbirlikli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Klasik Yazılı Sınav, Ödev, Proje Görevi

5. 5

   Novel proteins can be designed which can be used in the field of biotechnology.

   Öğretim yöntemi: Tartışma Yöntemi, Gösterip Yapma Yöntemi, Problem Çözme Yöntemi, Soru - Cevap Tekniği, Tersine Beyin Fırtınası Tekniği, Probleme Dayalı Öğrenme Modeli, Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli · Değerlendirme: Proje Görevi

6. 6

   With the knowledge gathered from the course enzymes with improved properties can be designed.

   Öğretim yöntemi: Tartışma Yöntemi, Problem Çözme Yöntemi, Örnek Olay Yöntemi, Soru - Cevap Tekniği, Beyin Fırtınası Tekniği, Proje Temelli Öğrenme Modeli, Tersine Beyin Fırtınası Tekniği · Değerlendirme: Proje Görevi

7. 7

   The protein databank can be used effectively.

   Öğretim yöntemi: Gösterip Yapma Yöntemi, Bireysel Çalışma Yöntemi, Sorgulama Temelli Öğrenme Modeli, Deneyimle Öğrenme Modeli

HAFTALIK PLAN

1. HAFTA 1

   Protein yapısına giriş-Protein yapı taşları

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

2. HAFTA 2

   Protein Yapı Motifleri

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

3. HAFTA 3

   Alfa-Domain Yapıları

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

4. HAFTA 4

   Alfa-Beta Yapıları

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

5. HAFTA 5

   Beta Yapıları

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

6. HAFTA 6

   Protein Katlanması ve Protein Yapı Esnekliği

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

7. HAFTA 7

   DNA yapısı

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

8. HAFTA 8

   Prokaryot canlılarda DNA'nın tanınma mekanizması

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

9. HAFTA 9

   Ökaryotik canlılarda DNA'nın Transkripsiyon Faktörler Yardımı ile Tanınması

   Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

10. HAFTA 10

    Membran proteinleri

    Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

11. HAFTA 11

    Sinyal Transdüksiyonu

    Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

12. HAFTA 12

    Fibröz Proteinler

    Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

13. HAFTA 13

    Bağışıklık Sistemi Tarafından Yabancı Moleküllerin Tanınması

    Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

14. HAFTA 14

    Protein Yapı Tahmini, Mühendisliği ve Protein Yapı Dizaynı & Protein Yapı Tayini

    Ön hazırlık: Haftanın ders notlarının gözden geçirilmesi ve ilgili birkaç makale incelemesi.

DEĞERLENDİRME

• Ara Sınavın Başarıya Oranı50%
• Genel Sınavın Başarıya Oranı50%

İŞ YÜKÜ

KAYNAKLAR

• Introduction to Protein Structure, 2 nd edition. Carl Branden & John Tooze

ÖĞRETİM ELEMANLARI

• Assoc.Prof. Özge ŞENSOYKOORDİNATÖR
• Assoc.Prof. Özge ŞENSOY